O výstavbě hlavní budovy školy bylo rozhodnuto v r. 1897. Když bylo dáno v roce 1899 povolení ke stavbě, byla stavba nové školy za 160 000 zlatých svěřena staviteli G. Mayerovi, který ji mistrovským způsobem vystavěl podle návrhu městského stavitele Ferdinanda Rudolfa Leinwebera. Se stavbou školy byla postavena i nová tělocvična. Stavba nové školní budovy byla dokončena v roce 1900. Z vedlejší budovy gymnázia sem přesídlila od září roku 1900 celá dívčí škola. První školní rok v nové školní budově začal 24. září roku 1900.

První ředitel této školy Robert Manzer zahajoval v září školní rok 1900 /1901 těmito slovy: „Mateřská škola, obecná škola, měšťanská škola a dívčí pokračovací škola našly v této budově svůj nový domov. Město Děčín postavilo nové monumentální dílo, nový domov pro vzdělání a výuku, školní palác, jemuž se jen máloco vyrovná.“

V měšťanské dívčí škole se počet žákyň pohyboval okolo tří set v pěti až šesti třídách.

Z toho vyplývá, že v jedné třídě se vyučovalo kolem padesáti až šedesáti žákyň. Vzhledem k převaze německého obyvatelstva do roku 1945 se zde český jazyk vyučoval nepovinně.

Např. ve školním roce 1931/1932 bylo přihlášeno 206 žákyň, které se českému jazyku vyučovaly v šesti odděleních.

Po skončení 2. světové války v roce 1945 byla v budově otevřena česká měšťanská škola chlapecká, později střední škola, následovala osmiletá střední škola, pak základní devítiletá škola a poté základní škola. Tento název má škola dodnes.

V letech 1995 a 1997 byla provedena bez přerušení vyučování, tzn. hlavně během prázdnin rozhodnutím Městského úřadu v Děčíně nákladem téměř 20 milionů korun generální oprava celé budovy školy. Po dlouhých letech marného úsilí a volání si tuto opravu naše škola jistě zasloužila, a to nejen proto, že jí prošly od jejího počátku desetitisíce žáků, ale také proto, že tato krásná budova je nyní ozdobou Komenského náměstí.